Θεολογία
Τους κλασικούς συγγραφείς συναγωνίζεται σε πληρότητα το τμήμα της Θεολογίας που περιέχει χίλιες περίπου εκδόσεις της Βίβλου, ως επί το πλείστον ελληνικές, μία πλήρη σειρά από λειτουργικά βιβλία της Ορθοδόξου Εκκλησίας, μαζί με αντιπροσωπευτικά δείγματα της λειτουργίας των άλλων ανατολικών εκκλησιών (Αρμενικής, Χαλδαϊκής, Κοπτικής, Αιθιοπικής, Ιακωβιτικής, Malabar και Συριακής) καθώς και των εκκλησιών της Δύσης. Τα Πρακτικά των Συνόδων, τους Κανόνες και τις Κατηχήσεις ακολουθούν οι Έλληνες εκκλησιαστικοί Πατέρες (από τον 1ο ως τον 15ο αιώνα) και θεολόγοι των υστερότερων χρόνων, βιβλία για την ιστορία των εκκλησιών, τα σχίσματα και τις θρησκευτικές διαμάχες και στα νεώτερα χρόνια οι προσπάθειες για τη ένωση των εκκλησιών. Η ιουδαϊκή θρησκεία, η ισλαμική καθώς και τα άλλα θρησκευτικά δόγματα συμπληρώνουν τον πλούτο της συλλογής.
Οι πρώτες εκδόσεις της Βίβλου στη Γεννάδειο είναι: το Ψαλτήριο, στα ελληνικά και λατινικά, που τυπώθηκε στο Μιλάνο το 1481· το ελληνικό Ψαλτήριο, έκδοση του ΄Αλδου Μανούτιου, που τυπώθηκε γύρω στα 1496· η Καινή Διαθήκη στα ελληνικά και λατινικά, με εκδότη τον ΄Ερασμο και τυπογράφο τον Frobin (Βασιλεία 1516)· και η Βίβλος, ολόκληρη στα ελληνικά, που τυπώθηκε στο τυπογραφείου του ΄Αλδου το 1518. Εκατόν είκοσι χρόνια αργότερα, το 1636, τυπώθηκε στη Γενεύη μία άλλη Βίβλος πρωτοπόρος, η Καινή Διαθήκη, με την παρακίνηση του Πατριάρχη της Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου Λούκαρη. Το κείμενο είναι τυπωμένο σε δύο παράλληλες στήλες, αριστερά το πρωτότυπο και δεξιά (με μεγαλύτερους χαρακτήρες) η μετάφραση σε δημοτική γλώσσα. Είναι άγνωστο αν ο Κύριλλος Λούκαρης πρόφτασε να δει το βιβλίο, γιατί την ίδια χρονιά στραγγαλίστηκε από τους Γενιτσάρους και το πτώμα του το έριξαν στο Βόσπορο.
Σήμερα προσθέτουμε βιβλία σχετικά με την ιστορία του Χριστιανισμού, την Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία, σχολιασμούς της Βίβλου, κλπ.


